Salaiset taistelut on neljäs elokuva dokumenttisarjassa Tuntematon kylmä sota. Tässä jaksossa tutkitaan, kuinka Itämeren alueesta tuli yksi kylmän sodan ensimmäisistä koekentäistä. Jo toisen maailmansodan aikana jotkut Baltian nationalistit tekivät yhteistyötä miehittävien saksalaisten joukkojen kanssa. Sodan jälkeen alueella nousi vauhtiin Neuvostoliiton vastainen aseellinen maanalainen liike, joka tunnettiin nimellä "Metsäveljet".